Mặc dù chiếm được quân cảng Novorossiysk từ tháng 9 năm 1942 nhưng hải quân Đức Quốc xã vẫn không thể sử dụng được cảng này do lực lượng hải quân Đức trên Biển Đen hầu như không có tàu chiến. Họ chỉ có 16 tàu phóng ngư lôi, trong đó có 6 chiếc của Đức, 7 chiếc của Romania và 3 chiếc của Bulgaria. Thỉnh thoảng mới có một tàu ngầm lọt qua các eo biển Dardanelles và Bosporus nhưng gần như ngay lập tức, chúng bị các tàu ngầm Liên Xô phát hiện và xua đuổi. Ngay cả các tàu chở hàng của hải quân Đức Quốc xã từ các cảng Constanta (Romania), Odessa và Sevastopol cũng rất khó vào cảng do hỏa lực từ các chiến hạm Liên Xô, từ các máy bay của hạm đội Biển Đen và từ các trận địa pháo trên núi bắn phá. Tuy vậy, Tập đoàn quân 17 vẫn có ý đồ giữ cảng này để khi cần, có thể dùng làm một đầu cầu rút quân đồng thời, ngăn chặn tối đa Tập đoàn quân 47 (Liên Xô) lợi dụng vị trí hiểm yếu của bán đảo Myskhako để đột kích vào khu vực Taman từ phía Tây Nam. Công trình quân sự đáng kể nhất của Tập đoàn quân 17 (Đức) tại Novorossiysk là hệ thống các công sự bằng thép, bê tông và đất đắp. Tuy vậy, quân đội Đức Quốc xã cũng không đủ lực lượng để rải ra khắp khu vực Novorossiysk do bận đối phó với cuộc phản công của quân đội Liên Xô từ ba hướng vào đồng bằng Kuban và khu vực Rostov.[3]

Tình hình ở phần phía nam của mặt trận vào đầu năm 1943 đã có những thay đổi cơ bản. Sau khi đánh tan các cuộc hành quân giải vây cho Tập đoàn quân 6 (Đức) ở Stalingrad, quyền chủ động chiến lược nằm trong tay quân đội Liên Xô. Trên toàn bộ cánh Nam của mặt trận Xô-Đức, từ thượng lưu sông Đông đến Kavkaz, quân đội Liên Xô đều được lệnh chuẩn bị phản công. Ngày 1 tháng 1 năm 1943, Bộ Tổng tư lệnh tối cao quân đội Liên Xô yêu cầu đại tướng I. V. Tyulenev chỉ đạo các Cụm tác chiến Biển Đen và Bắc Kavkaz chuẩn bị và trình kế hoạch phản công với mục tiêu cắt đường rút lui của Cụm tập đoàn quân A (Đức) qua bán đảo Taman sang Krym và qua Rostov về Ukraina. Ngày 8 tháng 1 năm 1943, Bộ tư lệnh Cụm tác chiến Biển Đen trình Bộ Tổng tư lệnh tối cao quân đội Liên Xô Kế hoạch "Biển" về các hoạt động của quân đội Liên Xô tại khu vực Novorossiysk và Taman. Tại giai đoạn 2 của kế hoạch có dự kiến từ ngày 16 đến ngày 25 tháng 1 sẽ giải phóng bến cảng và thành phố Novorossiysk bằng lực lượng của Tập đoàn quân 47 phối hợp với một cụm quân đổ bộ đường biển từ khu vực Nam Ozereika - Myskhako - Stanichka đánh lên.[5]

Mọi hoạt động của quân đội Liên Xô đều phải trông vào tính bất ngờ vì khu vực Novorossiysk nằm rất gần các căn cứ của các Quân đoàn bộ binh xung kích 5 và Quân đoàn bộ binh 14 (Đức) trên bán đảo Taman. Việc tấn công từ một căn bàn đạp hẹp đòi hỏi phải có sự phối hợp chính xác giữa hai cánh quân đổ bộ từ Nam Ozereika ở phái Tây và Myskhako ở phía Nam. Đồng thời, hai cánh quân đổ bộ cũng phải phối hợp chặt chẽ với Tập đoàn quân 47 để được yểm hộ và cùng tấn công từ phía Tây Novorossiysk nhằm phân tán sự đối phó của Quân đoàn xung kích 5 (Đức). Chỉ cần một trong hai cánh quân và kể cả lực lượng trên bộ của Tập đoàn quân 47 không hoạt động đồng bộ đều làm mất yếu tố bất ngờ của chiến dịch.[6]